曾經(jīng)，來(lái)自海洋的神秘敵人“塞壬”向人類(lèi)發(fā)起了猛烈的進(jìn)攻，“碧藍航線(xiàn)”的少女們憑借著(zhù)她們鋼鐵般的意志與敵人奮勇作戰，最終擊敗了對手，守護了人類(lèi)。然而，隨著(zhù)時(shí)間的流逝，碧藍航線(xiàn)內部因為理念的差異逐漸產(chǎn)生分化，衍生出了名為“赤色中軸”大的對立陣營(yíng)。
被稱(chēng)為“灰色的幽靈”的最強英雄企業(yè)（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但關(guān)鍵時(shí)刻意外的頂用的拉菲（長(cháng)繩麻理亞 配音）、雖然年紀不大但成熟體貼的大黃蜂（山本希望 配音），個(gè)性好強但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面對動(dòng)蕩的時(shí)局，當這些少女們再一次被推上戰場(chǎng)，會(huì )發(fā)生怎樣的故事呢？
