突襲世界的大災難“第二次沖擊”后，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見(jiàn)到父親迎接的他，卻見(jiàn)到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務(wù)機關(guān)NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇元渡所統領(lǐng)的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱(chēng)為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰斗。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗后，決定遵從父親的命令。就這樣，從未受過(guò)作戰訓練的真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。不斷襲來(lái)的使徒，身份不明的綾波麗，從德國來(lái)的駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾，14歲的少年要面對遠超自己能力的挑戰。而碇元渡不動(dòng)聲色地觀(guān)察一切，一個(gè)稱(chēng)為“人類(lèi)補完計劃”的神秘計劃正在按照他的計劃實(shí)現。
