在不久的將來(lái)，不論網(wǎng)絡(luò )如何先進(jìn)，政治分裂和人種差異仍然存在……一名叫代田的男子向蓋佛共和國（Gaffle epublic）的外交官提出政治庇護的要求，遭到日本外交部下屬的六組（談判組）組長(cháng)的反對。當六組正在和該外交官交涉時(shí)，九組的上校從天而降，擊斃了外交官。實(shí)際上這是幫的六組的忙。因為代田是外交部的一項名為2501計劃的主要設計者，而該計劃現在出了問(wèn)題，六組自然不會(huì )放他到國外而泄露秘密。2501計劃—即“Puppet Master”，中文稱(chēng)作“傀儡王”，是外交部用來(lái)消滅異己的工具。他象一個(gè)病毒，安裝程序在特定的Ghost之中來(lái)控制他人，以達到外交部不可告人的政治目的，所以稱(chēng)為Puppet Master。然而傀儡王在穿越網(wǎng)絡(luò )的過(guò)程中漸漸察覺(jué)他自己的存在，產(chǎn)生了自我的意識，對六組來(lái)說(shuō)就是失控了，所以六組很著(zhù)急將他抓回來(lái)。擊斃蓋佛共和國的外交官的上校是麥格公司制作的帶有人腦細胞的機器人，是九組的特工人員，同在一起的還有巴特和一名由警署調來(lái)的德古沙，后者是九組除了組長(cháng)以外的唯一一個(gè)基本保持原有身體的人。正當外相和蓋佛共和國就要舉行密談的時(shí)候，Puppet Master侵入了外相的翻譯…