小智、皮卡丘、長(cháng)尾怪手終于到達神奧地方。小智在打電話(huà)給大木博士的途中遇到了火箭隊的突襲而同皮卡丘失散，便與長(cháng)尾怪手立刻出發(fā)尋找皮卡丘的身影；另一方面，新人訓練家小光的媽媽彩子曾是頂尖協(xié)調訓練家，小光亦想成為頂尖協(xié)調訓練家，于是由雙葉鎮出發(fā)展開(kāi)路程。在其后，小智的同伴小剛歸隊，二人邂逅了小光。自此，三人一同結伴旅行。幾經(jīng)辛苦，小光終于集齊5枚緞帶徽章，她在神奧華麗大型慶典表示出色，首次參加便晉級至決賽，但在決賽以稍微差距敗于好友小望；小智亦集齊8枚徽章，他在神奧聯(lián)盟有好開(kāi)始，在第1回戰打敗尚志，第2回戰打敗某女路人，第3回戰(16強)打敗考平，8強更打敗真司，可是他無(wú)法勢如破竹而在準決賽慘敗于達克多，4強出局。神奧之旅隨著(zhù)神奧聯(lián)盟結束而來(lái)到尾聲，小智及小剛曾邀請小光一同前往關(guān)都地方，但小光因卷卷耳被邀請而不能前來(lái)，當天日落，小智在碼頭上和小光以最后一次擊掌道別，與皮卡丘及小剛乘船返回關(guān)都地方。翌日日出后，小智和小剛回到關(guān)都地方，在往真新鎮及尼比市的分叉路口，小智和小剛握手及互相祝福對方后正式告別。小智和皮卡丘終于看見(jiàn)真新鎮，他們跑進(jìn)返回真新鎮前的最后一段路，神奧之旅正式劃上句號。