自己的陽(yáng)臺欄桿上出現了像被單一樣掛在上面的少女，這種非現實(shí)的情節出現在了上條當麻的眼前。雖然在這個(gè)城市——最先進(jìn)科學(xué)引導的學(xué)院都市中，超能力已經(jīng)可以通過(guò)科學(xué)技術(shù)創(chuàng )造出來(lái)，但是眼前這位自稱(chēng)“茵蒂克絲”的少女還是把上條當麻嚇了一條。茵蒂克絲自稱(chēng)因擁有十萬(wàn)三千本魔導書(shū)而被魔法師追殺，而上條當麻靠自己的超能力也認定了少女的魔法。少女以危險為由離開(kāi)上條家，上條如往日一般去學(xué)校學(xué)習，但放學(xué)回家，卻發(fā)現茵蒂克絲倒在血泊之中。在科學(xué)與魔術(shù)交叉的世界中，上條當麻與茵蒂克絲的故事開(kāi)始了。

　　結城頼（森久保祥太郎 配音）和結城郁（中原麻衣 配音）是一對雙胞胎兄妹，感情十分要好的兩人甚至在童年時(shí)期許下了結婚的懵懂諾言?？墒?，隨著(zhù)年歲的增長(cháng)，郁發(fā)現曾經(jīng)溫柔的頼對自己的態(tài)度越來(lái)越冷淡，著(zhù)讓她感到十分的疑惑。
　　頼和一直追求自己的女生楠友華（川上倫子 配音）開(kāi)始了交往，但這更讓他感受到對妹妹的無(wú)法遏制的感情。同時(shí)，哥哥交女朋友的消息也讓郁開(kāi)始逐漸正視起了自己心中的不安和騷動(dòng)，幾經(jīng)波折，兄妹二人終于相互吐露的心聲。然而，這是一段注定要受到斥責和詛咒的愛(ài)情，世界如此之大，卻也容不下小小的，相愛(ài)的兩人。在痛苦和絕望之中，兄妹二人會(huì )做出怎樣的選擇呢？