在德川幕府時(shí)代，日本幕府統治開(kāi)始走向沒(méi)落，對農民的壓迫也空前慘烈，其時(shí)又有西方宗教傳入日本，忍無(wú)可忍之下，暴發(fā)了農民起義，許多天主教農民揭竿而起反對幕府的統治，史稱(chēng)“島原之亂”，轟動(dòng)了整個(gè)日本，大大地沖擊了當時(shí)的當權者。
　　當時(shí)的起義在1638年暴發(fā)，以妖異少年天草四郎為首的天主教徒，聚集農民和天主教徒三萬(wàn)七千余人發(fā)動(dòng)了起義，攻擊德川幕府的各地政權。起義軍開(kāi)始時(shí)勢如破竹，連連擊敗幕府軍隊，攻下了幾座城池，而且影響越來(lái)越大，參加進(jìn)來(lái)的農民逐漸增多。德川幕府緊急調動(dòng)各地諸侯的兵力十二萬(wàn)鎮壓起義農民，起義軍和幕府諸侯軍隊血戰3個(gè)多月后終因寡不敵眾而失敗，起義軍領(lǐng)袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府軍隊抓獲，被判斬首示眾，他死前卻大聲疾呼：我將像天主基督一樣復活！
　　這個(gè)事件過(guò)去不久，天草四郎卻真的復活了！負責保護幕府政權的是武林世家柳生家族，他們堅守自己的職責和天草四郎展開(kāi)了或大或小的戰斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵衛，他的家族武術(shù)淵源甚深，對劍術(shù)尤其精湛，而天草四郎則不斷鍛煉妖異魔法，也具備常人無(wú)法企及的法力，他們兩人都感受到了對方的威脅，正邪激戰一觸即發(fā)……
　　故事中天草四郎以妖術(shù)打開(kāi)地獄之門(mén)，召喚宮本武藏、荒木又右衛門(mén)、寶藏院胤舜等歷代豪杰的鬼魂從魔界復活，企圖毀滅德川政權，與知名劍豪柳生十兵衛，展開(kāi)一場(chǎng)鬼哭神號的正邪對決。