科學(xué)家本（Zach Galifianakis 飾）隸屬于美國政府某個(gè)秘密部門(mén)，它通過(guò)高科技手段訓練豚鼠說(shuō)話(huà)與思考，并將它們培養成特工人員。然而，本的部門(mén)卻面臨被FBI關(guān)閉的局面，為了證明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工隊的負責鼠達爾文（山姆·洛克威爾 Sam Rockwell 配音）下令，要它們潛入賽博林工業(yè)的CEO羅納德·賽博（Bill Nighy 飾）的辦公室，尋找羅納德向中東國家出賣(mài)可用于軍事的高科技芯片的證據。達爾文毫不怠慢，帶著(zhù)布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、華蕾斯（佩內洛普·克魯茲 Penélope Cruz 配音）、蒼蠅莫奇和斯貝克斯（尼古拉斯·凱奇 Nicolas Cage 配音）等成員迅速展開(kāi)行動(dòng)。 這群豚鼠特工隊員體型雖小，卻身懷絕技，它們成功闖入羅納德的辦公室，并下載到重要資料。然而，這場(chǎng)冒險才剛剛開(kāi)始……