某艦隊兩棲偵察兵正在訓練場(chǎng)上練習格斗，雪亮的匕首和陣陣殺聲吸引了艦隊子弟學(xué)校的三個(gè)男孩。為首的董海星翻墻而過(guò)，企圖竊取匕首，結果被一個(gè)海軍軍官“俘獲”。次日，白鷗老師向五年級二班的同學(xué)介紹新來(lái)的輔導員梁馳濤，董海星認出他原來(lái)就是那個(gè)“仇敵”。一天晚上，熄燈號吹過(guò)之后，五(2)班的男生宿舍里依舊燈火通明，一場(chǎng)“海戰”正在激烈地進(jìn)行。輔導員梁馳濤來(lái)到了“戰場(chǎng)”，嚴厲地批評了這些違紀的“水兵”，受到處罰的董海星對梁馳濤更加不滿(mǎn)了。董海星、謝潛和金寶貝是“特混艦隊”的領(lǐng)袖，并自封為“將軍”。一天，他們在鯊魚(yú)礁附近無(wú)意聽(tīng)到一種奇特的聲音，“小將軍”們決定要查它個(gè)水落石出，并稱(chēng)此為“鯊魚(yú)行動(dòng)”。他們用小錄音機錄下了海底怪聲，分析后認為是沉船發(fā)出的。上旗語(yǔ)課時(shí)，白老師將董海星的錄音機沒(méi)收了。梁馳濤仔細了解情況后把錄音機還給了董海星，為此，三個(gè)“小將軍”認為輔導員夠意思，“仇恨”開(kāi)始減退。一天，“小將軍”們又一次來(lái)到鯊魚(yú)礁，金寶貝自告奮勇潛入水中尋找沉船，卻半天不見(jiàn)上來(lái)，董海星和謝潛急呼救命，梁馳濤聞?dòng)嵹s來(lái)跳入海中，救出了金寶貝。一股敬仰之情在“小將軍”的心里油然而生，梁馳濤也深深地愛(ài)上了這幾個(gè)小搗蛋。由于把精力都花在了“鯊魚(yú)行動(dòng)”上，董海星在期中考試時(shí)“觸礁”了，考場(chǎng)上他用旗語(yǔ)向金寶貝求救，被寧娜告發(fā)。董海星氣壞了，三個(gè)“小將軍”一起用一盆洗衣粉水“懲罰”了這個(gè)“女問(wèn)諜”。在老師和輔導員的幫助下，“將軍”們懂得了，一個(gè)真正的男子漢必須珍惜友情，有大海一樣的胸懷。梁馳濤就要離開(kāi)五(2)班去執行新的任務(wù)了，孩子們難過(guò)極了，他們費盡心思想要留住輔導員，但卻無(wú)濟于事。孩子們深情地唱著(zhù)《水兵之歌》，送走了他們的艦長(cháng)。授旗儀式開(kāi)始了，五(2)班被授為“特混艦隊”班，全班同學(xué)身穿水兵服威武地站在導彈驅逐艦上，“特混艦隊”的藍旗在桅桿上高高飄揚。