小智（松本梨花 配音）帶著(zhù)皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續前行在冒險的旅途之中。路上，一行人遇見(jiàn)了帶著(zhù)神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠制造出神奇的時(shí)空圓環(huán)，帶領(lǐng)大家在不同的地點(diǎn)來(lái)回穿梭。
地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了，曾經(jīng)，在這里發(fā)生過(guò)一場(chǎng)聲勢浩大的神奇寶貝戰爭，亦是因為這場(chǎng)戰爭，這里才成為了干涸少水的沙漠。在這里，麥亞麗和哥哥巴爾扎（藤原龍也 配音）匯合了，讓大家沒(méi)有想到的是，巴爾扎竟然得到了封印著(zhù)可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中，封印被解開(kāi)了，那個(gè)曾經(jīng)終結過(guò)迪賽魯西坦的可怕怪獸重見(jiàn)天日，而它的真實(shí)身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
