哥斯拉突然從北極的冰中出現！哥斯拉擊沉核潛艇海洋號，更破壞北極的軍事基地後開(kāi)始南下。同樣的時(shí)候，在太平洋製藥宣傳部，那公司為提高節目的收看率打算使用發(fā)俄島上的魔神，櫻井和古江的兩名宣傳人員便去了發(fā)俄島。他們發(fā)現島上出現的魔神就是金剛。於是把他弄暈帶到日本，不久在運送金剛的船遭日本政府攔截，但那時(shí)金剛突然從麻醉中甦醒，在運輸船上跑出來(lái)，游向日本，而且更在那須高原初次與哥斯拉對決。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得勝利，金剛被打敗嗎？
　　同時(shí)自衛隊正進(jìn)行「火焰攻擊大作戰」，把汽油倒入河中然後燃點(diǎn)著(zhù)火，哥斯拉竟然沒(méi)有直接渡過(guò)河流。不過(guò)哥斯拉在高壓電流前竟不能突破，還被嚇走了。
　　另一方面，逃走了的金剛面對阻擋哥斯拉的電塔竟輕易被他突破，而且在發(fā)瘋地吃著(zhù)美味的電流，金剛終於到達市中心，更捉了櫻井的妹妹作為人質(zhì)登上國會(huì )會(huì )議廳，自衛隊便利用法羅島體細胞莓汁展開(kāi)「美味果汁迷迷糊糊大作戰」莓汁從天而降，在空中爆炸灑落在金剛身上，令金剛暈倒了。
　　自衛隊防止金剛破壞城市，又展開(kāi)「氣球輸送大作戰」，大氣球綁在金剛身上，帶著(zhù)牠往富士地區，被運送到富士高原的金剛，與哥斯拉再次決鬥，哥斯拉再把金剛打倒，更放出放射火焰令森林著(zhù)火。幸好有股雷暴經(jīng)過(guò)，閃電擊中金剛，電流被吸進(jìn)金剛身體中，令他醒來(lái)，變成超級撒亞人般。
　　金剛再戰哥斯拉，金剛使出雷擊拳，雙手找著(zhù)哥斯拉的尾巴，然後三百六十度一轉把哥斯拉拋到另一處再戰，把熱海城徹底破壞，最後2頭怪獸更滾下山跌入海中。不久在海上只看到金剛的身影，哥斯拉被打敗了。
　　其實(shí)東寶為了不想得罪美國，在故事中，哥斯拉是被打敗，但為鞏固哥斯拉在日本
　　怪獸王的地位，卻在官網(wǎng)寫(xiě)成平手！哥斯拉和金剛共戰3場(chǎng)，富士山1敗，電塔1勝，熱海城1勝。