妖怪大道上，沒(méi)有規則，只有勝負。

幼時(shí)曾深陷絕望深淵的直枝理樹(shù)，與4位少年少女相遇了。

由于童年的悲慘遭遇，直枝理樹(shù)（堀江由衣 配音）的個(gè)性變得十分孤僻。長(cháng)著(zhù)一張娃娃臉，沉默寡言，沒(méi)有朋友，這樣的理樹(shù)成為了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲嬌愛(ài)貓如命的棗鈴（民安智惠 配音），正直開(kāi)朗穩重可靠的棗恭介（綠川光 配音），四肢發(fā)達頭腦簡(jiǎn)單的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢劍術(shù)一流的宮澤謙吾（織田優(yōu)成 配音）四人出現在了絕望的理樹(shù)面前。他們自稱(chēng)“Little Busters”，想要利用理樹(shù)的力量來(lái)完成拯救世界的重任。就這樣，理樹(shù)成為了LB中的一份子，整日奔波解決一些說(shuō)來(lái)宏大但其實(shí)十分平凡的委托。在相處的過(guò)程中，本來(lái)行為舉止十分怪異的同伴們漸漸的變得可愛(ài)起來(lái)，理樹(shù)也逐漸敞開(kāi)了緊閉的心門(mén)，找回了久違的快樂(lè )。他開(kāi)始明白，只要有一顆開(kāi)朗向上的心，這樣的生活一定能夠繼續下去直到永遠。

男高中生比企谷八幡（江口拓也 配音）性格別扭，孤僻乖張，既交不上朋友，也不敢跟女生說(shuō)話(huà)。老師布置了“回顧高中生活”的作業(yè)，他卻通篇憤世嫉俗之言，最后還發(fā)出了“給我爆炸吧”的詛咒。老師因此強行將他帶去了只有一個(gè)部員的“侍奉部”，希望可以改變他的性格。這個(gè)社團的活動(dòng)，就是擁有者將以慈悲之心施予貧乏者，簡(jiǎn)單地說(shuō)，就是侍奉部里的志愿者向有困難的人伸出援手。侍奉部部長(cháng)就是校內無(wú)人不曉的雪之下雪乃（早見(jiàn)沙織 配音），她頭腦聰明，長(cháng)相可愛(ài)，卻為人高傲。雪之下要糾正比企谷的問(wèn)題，而他卻表示不必。因此老師提議他們決一勝負，贏(yíng)的人就可以隨意命令輸的人。 　　比企谷與雪之下接觸之后，發(fā)現女神級別的她也有自己的煩惱，兩人似乎有相似之處。想提出交朋友要求的比企谷，被高貴冷艷的雪之下一口回絕。這對男女真的能在侍奉部里譜寫(xiě)出戀愛(ài)物語(yǔ)嗎，還是注定只是一個(gè)錯誤的青春喜??？

　　在《納米核心》的里世界中，各位主角配角以及龍套們，都要在“納米學(xué)院”中學(xué)習生活。大家在這個(gè)世界不那么認真地上課、考試、過(guò)著(zhù)奇奇怪怪的校園日常，并不正經(jīng)地保護著(zhù)這個(gè)世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。