二戰期間，日軍未敢染指澳門(mén)。秘密的日葡協(xié)定使澳門(mén)在太平洋戰場(chǎng)上成為一塊難得的“飛地”，同時(shí)淪為情報匯集之地，間諜鏖兵之所。本劇所營(yíng)造的澳門(mén)正是諜戰波詭云譎的“東方卡薩布蘭卡”，以中共建立秘密運輸通道為主線(xiàn)，層層展示國共日、葡、美等各方盤(pán)錯交織的諜戰網(wǎng)絡(luò )，走進(jìn)一個(gè)沒(méi)有硝煙的戰場(chǎng)，揭示一段塵封已久的“檔案”。
　　抗戰爆發(fā)后，曾領(lǐng)導過(guò)廣州起義的中國著(zhù)名將領(lǐng)方天庭將軍從海外歸來(lái)途經(jīng)香港，準備回國參加抗日。澳門(mén)商會(huì )會(huì )長(cháng)的公子、留學(xué)海外一腔熱血報效祖國的江浩也一同前往。在日本眼里，中國只有一個(gè)軍人，那就是方天庭。他們唯恐方天庭將軍安全回到內地指揮中國軍隊與其對抗，于是派出日本“特高課“的殺手企圖將方將軍殺死在香港。危機中，江浩將方將軍護送到了日本軍隊無(wú)法進(jìn)駐的澳門(mén)，然后再經(jīng)那里奔赴抗日前線(xiàn)。于是日本又派女間諜神尾悅子進(jìn)駐澳門(mén)，企圖將方天庭將軍殺死在澳門(mén)，而國民黨特工得到的指示是“如果不能說(shuō)服方將軍去重慶，那么就把他殺死在澳門(mén)，絕不能讓共產(chǎn)黨得到他！”于是一場(chǎng)斗智斗勇、驚心動(dòng)魄的較量在澳門(mén)這塊“飛地”展開(kāi)了。幾經(jīng)周折，死里逃生，江浩與我澳門(mén)秘密情報人員終于安全地將方將軍護送回國。
　　這時(shí)，我中共情報機構與國民黨情報機關(guān)幾乎同時(shí)掌握了一個(gè)重要情報，即日本政府與中立國葡萄牙政府簽署了一個(gè)決定澳門(mén)命運的秘密協(xié)議，該協(xié)議代號為“菊花檔案”。為利用澳門(mén)這塊具有特殊意義的地區開(kāi)展對敵斗爭，無(wú)論是中共“特科”，還是國民黨情報機關(guān)，都想得到“菊花檔案”的副本。為此，中共又聯(lián)手江浩，與江浩的戀人、潛伏于國民黨特工組織的中共間諜林娜等人打入澳門(mén)上流社會(huì )，國民黨情報機關(guān)也派出自己最優(yōu)秀的諜報員石磊到澳門(mén)，而他們的對手還是日本間諜神尾悅子。幾經(jīng)生死，江浩等人又搶在石磊之前潛入澳督府拍下了“菊花檔案”的膠片，并發(fā)現了一個(gè)驚天機密-----由于日本有10萬(wàn)僑民居住在南美的(葡屬)巴西，日本政府擔心自己的僑民受到葡萄牙政府的迫害，于是同葡萄牙政府簽屬了一個(gè)秘密協(xié)議----戰爭爆發(fā)后，日本即使占領(lǐng)了整個(gè)亞洲，也絕不派一兵一卒進(jìn)駐(葡屬)中國澳門(mén)，否則葡萄牙政府將把居住在巴西的10萬(wàn)日本僑民全部關(guān)進(jìn)集中營(yíng)。也就是說(shuō)，澳門(mén)將成為戰爭時(shí)期亞洲唯一的一塊不可能被日本帝國主義占領(lǐng)的凈土。中共“特科”掌握了“菊花檔案”的秘密后，便利用澳門(mén)這塊具有特殊意義的地區開(kāi)展了一系列愛(ài)國抗日活動(dòng)：香港淪陷，日軍大肆搜捕此前從上海轉移到香港的數百名中國文化藝術(shù)界的名人與社會(huì )名流。大敵當前，江浩又不顧個(gè)人安危，只身前往香港擔負起營(yíng)救“香港800名人志士”的任務(wù)，這時(shí)離開(kāi)了澳門(mén)的日本間諜，為報在澳門(mén)被江家勢力所牽制之仇，開(kāi)始在香港大開(kāi)殺戒，要將江浩殺死在香港。江浩在中共黨組織的鼎力協(xié)助下，從水路將其中的一部份文化名人幾經(jīng)周折、歷經(jīng)風(fēng)險、化險為吏，最后安全送到了澳門(mén)，使包括眾多名人志士免遭日軍的屠殺。
　　此后，江浩又利用自己澳門(mén)商會(huì )會(huì )長(cháng)兒子和澳督好朋友的特殊身份，一邊與日本特工周旋，一邊又將“澳門(mén)王”元深及澳門(mén)中華商會(huì )的愛(ài)國人士蘇子玉等團結在自己身邊，使風(fēng)雨飄搖中的澳門(mén)度過(guò)一個(gè)又一個(gè)難關(guān)，這其中包括“關(guān)閘事件”、“澳門(mén)幣危機”等等，為60年后的澳門(mén)回歸祖國奠定了基礎?？梢钥隙ǖ卣f(shuō)，如果沒(méi)有當年江浩、林娜以及蘇子玉、元深等人的努力，澳門(mén)的現代史將是另一個(gè)樣子。