洪荒時(shí)期，黃帝、炎帝、蚩尤三大部落爭取天下。炎帝部落老首領(lǐng)之子熾因不滿(mǎn)父親將首領(lǐng)之位傳于身世不明的炎而發(fā)動(dòng)叛亂。炎帝平息了叛亂后，熾下落不明。不久，炎帝被黃帝打敗之后，突然隱姓埋名遠走他鄉。多年后炎帝化名為神農，嘗百草救世人。多年后，熾化名為瘟神，處處與神農作對，更制造出瘟疫，禍害世人，令神農苦苦無(wú)法破解。
　　炎帝部落的衰落使得爭取天下的大戰將在黃帝和蚩尤間展開(kāi)。一次，雙方交戰正酣，突聞各自部下來(lái)報：自己部落中發(fā)生大規模瘟疫。黃帝和蚩尤立刻收兵，趕回各自部落查看救援。
　　黃帝發(fā)現自己的很多子民在這場(chǎng)大瘟疫中患病、喪生，憂(yōu)心忡忡。人群中，黃帝發(fā)現了幫助救治病人的神農。兩個(gè)老對手再次相逢。黃帝對神農既充滿(mǎn)怨恨又十分敬重。盡管神農用盡了方法，也只能暫時(shí)控制瘟疫的蔓延，并不能夠徹底的消除瘟疫。神農感懷世人疾苦，獨自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。
　　天宮中，玉帝的妹妹花神生性豁達善良，眼中沒(méi)有尊卑長(cháng)幼之分。玉帝的七個(gè)女兒七位仙女更被花神認做是知心的好姐妹。七位仙女雖然經(jīng)常被花神的一些古怪想法和言行折騰得不知所以，苦不堪言，但是從心底尊敬和喜歡這位平易近人、性格爽直的長(cháng)輩?；ㄉ駧ьI(lǐng)七位仙女種植盤(pán)古大神死前留下的種子，實(shí)驗無(wú)數次均遭失敗，終于在一次偶然的機會(huì )下獲得成功。在玉帝的建議下，眾人把這種從未見(jiàn)過(guò)的東西以花神的名字命名為花。
　　玉帝被神農感動(dòng)，召見(jiàn)神農。神農稟明來(lái)意。玉帝表示此乃人間必然的劫數，天庭不便插手。神農失望欲歸?；ㄉ窬寐勅碎g的神農嘗遍百草，正好與自己興趣相投，偷偷在南天門(mén)攔下神農，邀請神農互相切磋，交流心得。神農在花神處看到花，十分驚奇。神農研究后發(fā)現，百草的藥性不足以清除瘟疫，而花正是清除瘟疫的良方?；ㄉ竦弥ǔ搜b點(diǎn)天宮，在人間還有如此妙用，十分慷慨地送給神農花的種子和一些花瓣。
　　神農回到人間，嘗試用花瓣和草藥混合用藥，成功地化解了這場(chǎng)瘟疫。蚩尤蠢蠢欲動(dòng)，黃帝準備應戰，神農置身事外精心栽培花種，愛(ài)人若兮默默從旁相助。
　　花神在天庭成功培育出百種花品。百花宴上眾仙同賀，玉帝龍顏大悅?；ㄉ裣肫鹕褶r，對神農在人間種植鮮花的進(jìn)展情況充滿(mǎn)好奇。在七仙女的協(xié)助下，花神混出天宮，來(lái)到人間尋找神農。毫無(wú)下凡經(jīng)驗的花神落到河邊的一個(gè)小村子里，遇到龍太子帶著(zhù)蝦兵蟹將強搶民女，花神挺身而出，龍太子垂涎花神美貌，雙方動(dòng)起手來(lái)?；ㄉ癜l(fā)現自己的神仙法力無(wú)法在人間施展，終于失手不敵，被龍太子擒回龍宮。
　　玉帝發(fā)現花神失蹤，七仙女只得說(shuō)出實(shí)情，玉帝震怒，派出千里眼，順風(fēng)耳查找，竟未發(fā)現花神蹤跡。太白金星指出未經(jīng)玉帝批準下凡的神仙是沒(méi)有法力的，七仙女更加擔心花神的安危，主動(dòng)提出要戴罪立功下凡尋找花神，在太白金星的力保之下，玉帝準奏，派二姑娘、五姑娘和六姑娘三人下凡。
　　龍太子把花神關(guān)押在龍宮密室，意圖不軌?；ㄉ裉映鳊垖m，順手拿走了龍宮中的寶物?；ㄉ裉拥桨哆吔钇ＡΡM，龍太子尾隨追來(lái)，黃帝偶遇落難的花神，上前阻止龍太子，龍太子欲置黃帝于死地，卻莫名其妙地被黃帝打傷逃走。黃帝把昏迷的花神救回軍營(yíng)之中。
　　花神醒來(lái)發(fā)現自己已經(jīng)脫險。黃帝與蚩尤即將交戰，勸花神離開(kāi)?；ㄉ窀屑S帝，決定先留下來(lái)幫助黃帝?；ㄉ癯洚旤S帝的先鋒出戰，蚩尤輕敵被花神打敗。黃帝也為花神的豪爽性情所感，把酒言談中，二人結拜為兄妹?；ㄉ駨狞S帝處打聽(tīng)出神農蹤跡。黃帝十分好奇義妹之身份。黃帝交給花神一個(gè)發(fā)簪，讓花神遇到若兮后交給她?；ㄉ癫幻鲀惹?，還是答應。翌日黃帝酒醒，發(fā)現義妹花神已經(jīng)留書(shū)作別悄然離去。
　　三位仙女下凡來(lái)到太古城，卻因為相貌被玉帝變丑，處處遭人排斥。以釀酒換取物品為生的杜族族長(cháng)杜康為人爽直，收留了三位仙女。以當成媒婆為人生最大理想的夫人寶娘卻精于算計。三位仙女被困在杜康府中干雜活。
　　神農培植鮮花未果，焦急中一夜白發(fā)。若兮安慰神農。神農初顯咳血癥狀，瞞過(guò)了若兮?；ㄉ裾业缴褶r，神農大喜?；ㄉ窳粝乱黄鹋c神農進(jìn)行實(shí)驗。
　　三位仙女幫寶娘打雜多日，在寶娘的刻薄算帳方法之下竟然還是未能脫身。寶娘前去太古城勢力最大的趙族族長(cháng)府說(shuō)媒，被趕回。寶娘忿忿不服。
　　花神的努力也未能奏效，情急之下要去附近的太古城采集新的泥土和水樣。若兮悄悄把花神稍來(lái)的發(fā)簪送給花神做盤(pán)纏。神農發(fā)現了發(fā)簪，幫若兮留了下來(lái)。
　　花神在太古城遇到了三位仙女。三位仙女也因為找到了花神，完成了任務(wù)而被取消了限制，恢復了容貌。趙族族長(cháng)之子趙公明偶遇六姑娘，竟然對六姑娘一見(jiàn)鐘情。寶娘做媒婆的夢(mèng)想再次得到發(fā)揮的空間。
　　三位仙女催促花神返回天庭?；ㄉ褚?jiàn)花在人間始終培育不出，也想回天庭查明原因。眾仙子遂回到天宮。
　　玉帝訓斥了花神。其間龍王因丟失寶物帶領(lǐng)龍太子向玉帝稟告請罪。龍太子發(fā)現花神竟然是玉帝的妹妹。龍太子一番狡辯讓花神也有理說(shuō)不出。龍太子又看上了五姑娘，正式向玉帝提婚?；ㄉ駱O力反對，玉帝不好回絕，兩難下只得決定比武招親。
　　花神為五姑娘想到計策，在比武中用玫瑰花刺傷了龍太子，龍太子悻悻而去。
　　花神在太上老君的提醒下終于明白人間水土不行。只有用盤(pán)古身軀和血脈化成的凈土和真水才能在人間種植出鮮花?；ㄉ駴Q定再次下凡尋找分布于五岳的凈土和天池的真水?；ㄉ褡罱K說(shuō)服了玉帝，帶領(lǐng)二姑娘、五姑娘和六姑娘重新回到了處于五岳當中的太古城。杜康府成為了眾人的中轉之地。神農也加入了進(jìn)來(lái)。
　　在東岳，龍太子設計陷害眾人，終被識破，其間花神等人還認識了孝順的句芒。凡人進(jìn)入東岳有去無(wú)回的迷團也被花神解開(kāi)?；ㄉ衽c東岳之精女魃還結成了好姐妹。
　　在南岳，花神幫助村民趕走了年獸。把法寶噬火珠傳給了五行屬火的祝融。南岳中，花神等人被數個(gè)年獸一樣的兇猛怪獸圍困，卻沒(méi)想到在暗中操縱的正是花神好心救下的小狗小黑?；ㄉ袷軅c眾人失散，被一對神鹿了了和樂(lè )樂(lè )所救。眾人被小黑引入神秘的神之禁地?；ㄉ裾垇?lái)二郎神幫忙。土地、灶王、灶婆、山魅等也趕來(lái)相助。神之禁地終于被破解。小黑也被二郎神收服?；ㄉ駷樾『谄鹈麨橄?。
　　在西岳，花神結識了獵戶(hù)后羿和嫦娥。西岳山神的兒子華山三郎是龍太子的朋友，他設計陷害了花神等人，卻被神秘人救下。蟒精紅姑娘被龍太子蒙騙，前來(lái)尋找花神為龍太子報仇。紅姑娘受傷離去。六姑娘也身受重傷。趙公明和句芒分別心儀六姑娘和二姑娘，結伴前來(lái)西岳找尋，卻救下了紅姑娘。二人拜紅姑娘為師。
　　在北岳，花神幫助了夸父族，解開(kāi)了夸父追日之迷。紅姑娘步步緊逼，花神卻一再放過(guò)紅姑娘。紅姑娘開(kāi)始對花神改變了看法。
　　神農失明，讓大家虛驚一場(chǎng)。而躊躇滿(mǎn)志的黃帝卻被蚩尤和刑天的聯(lián)軍打得大敗。若兮也在這場(chǎng)大戰中不幸遇難。若兮的死徹底激怒了花神?；ㄉ癫活櫛娙藙褡?，幫助義兄黃帝追殺蚩尤。玉帝調查花神行蹤時(shí)發(fā)現花神違反天庭禁忌，插手人間的爭斗，怒而下凡，欲讓黃帝輸掉這場(chǎng)戰役。黃帝與玉帝一戰竟然是平局收場(chǎng)。黃帝也明白了自己的身世。原來(lái)女?huà)z有三個(gè)子女：除了女兒花神外，玉帝掌管天宮，黃帝掌管人間。為保持平衡，黃帝在人間的法力是被封印住的。而為了不讓天庭對人間橫加干涉，為所欲為，黃帝在遇到神仙時(shí)，封印就會(huì )被解除?；ㄉ襁@才知道，義兄黃帝竟然是自己的親哥哥。同時(shí)，花神也清楚了黃帝與炎帝神農以及本為黃帝愛(ài)人若兮之間的恩恩怨怨。
　　玉帝率眾返回天庭，但仍對黃帝心存芥蒂。黃帝得知花神等人的目的，也極力支持花神找到凈土與真水，讓鮮花開(kāi)滿(mǎn)人間?；ㄉ竦热嗽俅翁ど险鞒?。神農卻因傷心過(guò)度，獨自離開(kāi)。頹廢的神農偶遇無(wú)名人，欲隨之避世不出。無(wú)名人重新激起了神農對生活的信心。神農也知道了面前的無(wú)名人的真實(shí)身份：人王伏羲，自己的父親。
　　在中岳，神農與眾凡人聯(lián)手破除了連神仙都很棘手的五行陣。之后，花神違抗玉帝的旨意，從二郎神手中救下了朱雀。四圣獸齊聚花神麾下。龍太子修煉大成，出關(guān)擒下花神眾人，逼迫五姑娘成親。尾隨花神等人的紅姑娘出手相救，卻被龍太子重傷打下山崖?；ㄉ竦热嘶琶χ刑舆M(jìn)一個(gè)山洞，發(fā)現此山洞機關(guān)重重，異常神秘。原來(lái)此山洞正是最后一處凈土的收藏地，看護者乃是伏羲。伏羲拒絕交出凈土，提出用比武的方式?jīng)Q定凈土的歸屬。比武中，伏羲激發(fā)了神農巨大的潛力，讓神農明白人類(lèi)也可以掌握強大的力量。伏羲含笑死在神農手上。
　　瘟神的主人神秘人救下了紅姑娘，并賜予她強大的力量。紅姑娘假意投靠神秘人，接到的第一個(gè)命令卻是暗中保護花神等人。
　　花神得到消息，黃帝終于打敗了蚩尤，統一了中原。沒(méi)多久，突變襲來(lái)。天上出現了十個(gè)太陽(yáng)。玉帝取出盤(pán)古留下的神弓卻無(wú)法使用?；ㄉ裾业搅撕篝?。后羿用神弓射下了九個(gè)太陽(yáng)。后羿深?lèi)?ài)嫦娥，謝絕了玉帝招他成仙的邀請，只是推辭不過(guò)，收下了王母賞賜的仙丹。后羿徒弟逢蒙覬覦仙丹，趁后羿出門(mén)想偷取仙丹卻被嫦娥發(fā)現。爭斗中，嫦娥情急之下吞下仙丹飛天而去。后羿誤會(huì )嫦娥，幾欲射殺嫦娥?；ㄉ褡尯篝嗝靼琢耸虑榈恼嫦?。逢蒙卻被神秘人救走。
　　在天池附近，花神等人遇到了水靈族人?；ㄉ翊饝`族長(cháng)老幫助解決水靈獸發(fā)狂導致族人斷水一事。水靈族的共工跟隨花神等人前去天池?；ㄉ竦热藬巢贿^(guò)水靈獸?；ㄉ窈蜕褶r被水靈族上任長(cháng)老救下，又得知了水靈族以及真水、水靈獸跟女?huà)z之間的來(lái)龍去脈。與此同時(shí)，花神對神農的感情也慢慢發(fā)生了變化?；ㄉ袷辗怂`獸。共工卻吞下水靈獸的內丹成為水神，搶奪真水。祝融修行經(jīng)過(guò)此地，與共工進(jìn)行了一場(chǎng)水火大戰。共工逃走，花神為了真水回到水靈村查詢(xún)共工的下落，卻發(fā)現水靈族人被逢蒙和紅姑娘劫持。逢蒙要求花神交出真水。紅姑娘殺掉逢蒙，獨自離去?；ㄉ褚步拥较?，天庭再遭變故，玉帝失蹤。人間的黃帝也忽得怪病，昏迷不醒。天人兩界一片大亂?；ㄉ駮簳r(shí)放棄了取最后的真水，開(kāi)始著(zhù)手調查。
　　一直隱藏在暗處的神秘人魔帝終于現身，他從花神處偷得了部分凈土，吸取了其中的力量，并占用了龍太子的身軀，妄圖稱(chēng)霸天人兩界?；ㄉ裨俅蔚弥肆钭约赫痼@的家族秘史：盤(pán)古開(kāi)天后，筋骨血脈化為人間的凈土真水。女?huà)z吸收了天地之靈氣，隨后生下玉帝、黃帝與花神。女?huà)z也開(kāi)始造人做為黃帝的子民。正當女?huà)z準備神游天外的時(shí)候，竟然又生下一子。此子降生時(shí)伴有天劫：天上破了一個(gè)大洞。女?huà)z認為此子為不祥之人，補天后，把此子封印在九重天外。然后自己神游而去。魔帝默默孕育修煉，終于沖破封印，發(fā)現天上人間并無(wú)自己容身之處。不甘心的魔帝便開(kāi)始了報復計劃，意圖統一天人兩界。
　　花神連勸帶斗仍然控制不住魔帝的擴張。危難中，趙公明和六姑娘等幾對情侶也終于沖破了內心的顧慮，走到了一起。瘟神和共工戰死。后羿、紅姑娘、趙公明、句芒、寶娘等人也紛紛死在魔帝手中?；ㄉ癫活櫼磺羞`反天宮第一禁忌進(jìn)到盤(pán)古洞中，拿出開(kāi)天斧，要和魔帝生死決戰。不料花神自己被開(kāi)天斧控制了神智，戾氣大增，反而同魔帝聯(lián)起手來(lái)。
　　水靈族長(cháng)老用生命為代價(jià)救下神農，并傳給他水靈咒。神農用水靈咒喚醒了花神?；ㄉ裼写棠У郾荒У郯l(fā)現。魔帝開(kāi)始追殺花神。岌岌可危之時(shí)，女?huà)z回歸，降伏了魔帝?；ㄉ駝裾f(shuō)母親放過(guò)魔帝。女?huà)z遂開(kāi)辟了冥界供魔帝職掌。
　　眾人皆以為天上人間重歸太平。不料女?huà)z看見(jiàn)人間仍然是荒蕪一片，紛亂四起，十分寒心，有了滅世的念頭。玉帝和黃帝聯(lián)手與女?huà)z一戰，終不是女?huà)z的敵手。緊要關(guān)頭，花神取得了真水，人間終于開(kāi)出鮮花。女?huà)z見(jiàn)此景象，認為人間尚有希望，打消了滅世的念頭，再次神游而去。
　　天上人間重歸和諧。神農也寫(xiě)出利用鮮花和草藥制成的藥方，供世人對付瘟神留下的瘟疫。神農再也隱瞞不住自己的病情，終于病發(fā)。原來(lái)神農嘗遍百草，體內毒素已經(jīng)到了不可控制的地步。神農再次拒絕了花神化身成仙的建議?；ㄉ窈瑴I看著(zhù)神農死去?；ㄉ衤暑I(lǐng)七仙女在天上灑下鮮花，仿佛在滌清人間一切污穢，又仿佛在默默懷念著(zhù)神農。