以悟覺(jué)和尚為首的少林十八棍僧接到皇上的御詔，奉旨南下抗倭。江浙前線(xiàn)，棍僧救下一隊百姓，倭寇首領(lǐng)的親弟弟被棍僧所殺。棍僧帶領(lǐng)難民前往飛魚(yú)隘口，尋求駐守明軍的幫助。誰(shuí)知飛魚(yú)隘口的明軍早已逃離，棍僧們只好先在此歇腳。渾然不知倭寇派出主力部隊攻打飛魚(yú)隘口，土城中僅存的百姓都是老弱婦孺，棍僧們決定留在土城幫助村民抵抗倭寇。生死存亡之際，十八棍僧共同抵擋了倭寇的進(jìn)攻。但因師弟的沖動(dòng)，幾位師兄弟被倭寇殺害。倭寇首領(lǐng)得知土城中有少林的和尚，派出了忍者部隊進(jìn)行偷襲，以便發(fā)動(dòng)最后的決戰，誓要攻下飛魚(yú)隘口，殺掉和尚為弟弟報仇。棍僧們?yōu)榱搜谧o百姓們撤離，擺出了棍陣，以肉身阻止了倭寇的瘋狂進(jìn)攻，成功讓百姓脫離危難。

　　在右玉關(guān)，長(cháng)期受到番軍圍攻的局勢愈發(fā)岌岌可危。奸相嚴嵩把持下的朝政對此卻坐視不管，毫無(wú)作為，導致守將楊選只能率部頑強抵抗，苦苦等待友軍的糧草支援。就在右玉關(guān)即將陷入絕境之際，平安鏢局的糧草在紛飛的戰火中安全送達，這無(wú)疑為已斷糧三天的右玉關(guān)帶來(lái)了生的希望。副總鏢頭谷平安將押鏢的糧草親自交給楊選，彼此間的感激之情不言而喻。但在交接過(guò)程中，谷平安得知番軍雖然近期未攻城，卻向城內連續拋扔死尸，心中不禁生出警惕。
　　谷平安急忙趕到城門(mén)，察看這些被拋進(jìn)城中的死尸。他發(fā)現每具尸體上都有著(zhù)不同程度的黑斑，那是他畢生所見(jiàn)的黑斑病，這種傳染性極強且病死率高的疾病讓他心中升起了不祥的預感。谷平安與王兆興一同前往城內的殮尸房，準備對尸體進(jìn)行集中處理，越是深入，他們對番軍借此手段將右玉關(guān)化為死城的企圖越發(fā)堅定。隨著(zhù)黑斑病在右玉關(guān)迅速蔓延，感染人群不斷增加，守將楊選不得不求助于右玉關(guān)的郎中。然而，他發(fā)覺(jué)所有的郎中竟在一夜之間消失不見(jiàn)，這讓人不禁懷疑其中是否有陰謀。同時(shí)，來(lái)自京城的諜報傳來(lái)，張太醫在太白樓集結中原名醫時(shí)，遭到不明殺手的全數殺害。右玉關(guān)被番軍拋出的傳染性死尸與京師名醫遭劫殺之間的巧合，似乎暗示著(zhù)一場(chǎng)更大的陰謀。