這一季延續了前作的故事。所有變形金剛的火種都來(lái)自于矩陣，當他們死亡時(shí)，火種會(huì )回歸矩陣，記憶也會(huì )伴隨火種一起回歸，矩陣會(huì )把這些記憶分解成數據進(jìn)行分析，在分析中不斷進(jìn)行自我學(xué)習，最終實(shí)現系統的升級換代。擎天柱摧毀了他的世界，他必須在矩陣發(fā)生之前面對后果。巨無(wú)霸在擊敗巨猙獰后返回賽博坦星球，卻發(fā)現所有居民的火種都被囚禁。擎天柱、黃豹和黑寡婦被迫變回獸形態(tài)，并失去了大部分記憶。他們在地下發(fā)現了核心電腦，那是一種超級計算機，從中可以獲得新的科技有機體形態(tài)。巨無(wú)霸必須解放被囚禁的火種，幫助同伴銀箭和犀牛解開(kāi)自己的命運。而此時(shí)孤身一人的擎天柱面臨著(zhù)最意想不到的敵人，在發(fā)現了失蹤的火花的位置后，巨無(wú)霸們爭分奪秒地阻止威震天實(shí)現他的終極飛升。本作探討了機械與有機、理性與感性等絕對問(wèn)題的平衡，追尋協(xié)調發(fā)展與共生。