日高夢(mèng)見(jiàn)（相澤舞 配音）是一個(gè)平凡的少女，在她的內心深處隱藏著(zhù)一個(gè)不為人知的的秘密，在廣闊無(wú)垠的天空之中，夢(mèng)見(jiàn)有時(shí)能夠看到不可思議的島嶼漂浮其中，然而，能夠看到此番景象的，似乎只有她一人。
　　某日，一位名叫穆恩特（小野大輔 配音）的紅發(fā)少年突然出現在了夢(mèng)見(jiàn)的面前，原來(lái)，這個(gè)世界分為“天上界”和“地上界”兩個(gè)部分，而穆恩特就來(lái)自于天上界的魔導國。長(cháng)久以來(lái)，一股奇妙的力量維系著(zhù)兩個(gè)世界的平衡，維持著(zhù)兩個(gè)世界的運轉，如今，這股力量漸漸枯竭，天上界因此而陷入了混亂，照這樣發(fā)展下去，遲早有一天，災難會(huì )波及地上界，而夢(mèng)見(jiàn)，就是拯救這一切的唯一人選。

　　八坂一（三瓶由布子 配音）是一位熱愛(ài)科學(xué)的平凡少年，他堅信世界上的一切都可以用科學(xué)解釋。然而，某一日，八坂一邂逅了名為嵐山小夜子（白石涼子 配音）的神秘少女，她的出現以及隨后而來(lái)的不思議事件顛覆了八坂一的全部世界觀(guān)。
　　兩人的相遇令他們獲得了穿越回過(guò)去的特殊能力，與此同時(shí)，女扮男裝的上賀茂潤（小見(jiàn)川千明 配音）、同樣擁有穿越時(shí)空的能力的德國少女可雅（名冢佳織 配音）、一直追隨著(zhù)小夜子的墨鏡男村田英雄（安元洋貴 配音）、癡情而又倔強的山崎加奈子（堀江由衣 配音）以及身世神秘的少女伏見(jiàn)彌生（野中藍 配音），這些角色接二連三的出現在八坂一的身邊。

　　在私立莉莉安女子學(xué)院里，有著(zhù)這樣一個(gè)制度，新入校的學(xué)生要選擇一位高年級的學(xué)姐，兩人結為“姐妹”，在校學(xué)習的期間，姐姐將全方位的照顧教導妹妹的生活禮儀。在學(xué)院里，山百合會(huì )的名字如雷貫耳，作為會(huì )長(cháng)的小笠原祥子（伊藤美紀 配音）、鳥(niǎo)居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是學(xué)院里女生們傾慕的對象。她們被稱(chēng)為學(xué)院的三朵薔薇，平日里，她們和她們的妹妹，也就是薔薇花蕾管理著(zhù)學(xué)生會(huì )里的大小事宜。
　　平凡的少女福澤佑巳（植田佳奈 配音）在誤打誤撞中成為了祥子的薔薇花蕾，同時(shí)也肩負起了管理山百合會(huì )的重任。在和其他花蕾相處的過(guò)程中，又溫馨又輕松的校園生活開(kāi)始了。

　　在私立莉莉安女子學(xué)院里，有著(zhù)這樣一個(gè)制度，新入校的學(xué)生要選擇一位高年級的學(xué)姐，兩人結為“姐妹”，在校學(xué)習的期間，姐姐將全方位的照顧教導妹妹的生活禮儀。在學(xué)院里，山百合會(huì )的名字如雷貫耳，作為會(huì )長(cháng)的小笠原祥子（伊藤美紀 配音）、鳥(niǎo)居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是學(xué)院里女生們傾慕的對象。她們被稱(chēng)為學(xué)院的三朵薔薇，平日里，她們和她們的妹妹，也就是薔薇花蕾管理著(zhù)學(xué)生會(huì )里的大小事宜。
　　平凡的少女福澤佑巳（植田佳奈 配音）在誤打誤撞中成為了祥子的薔薇花蕾，同時(shí)也肩負起了管理山百合會(huì )的重任。在和其他花蕾相處的過(guò)程中，又溫馨又輕松的校園生活開(kāi)始了。

　　從各個(gè)方面看來(lái)，就讀于白城學(xué)院高中部的綾瀨裕人（羽多野涉 配音）都是一個(gè)極其普通的男生。長(cháng)相普通、成績(jì)普通、運動(dòng)普通，甚至于對女孩子的品味也很普通。因此，當同班同學(xué)兼校園偶像的超完美大小姐乃木板春香（能登麻美子 配音）出現在他的面前時(shí)，裕人并未被春香的魅力所折服，正相反，他覺(jué)得這個(gè)各方面都十分優(yōu)秀的女生總是有種說(shuō)不出的怪異。
　　裕人的直覺(jué)十分敏銳，在一次偶然中，他發(fā)現了春香的秘密。原來(lái)，這個(gè)外表高貴的千金居然是一個(gè)不折不扣的御宅族，而春香和她那一撥古怪的朋友們的興趣，居然是制作魔法少女相關(guān)的同人作品！這個(gè)秘密迅速拉近了春香和裕人之間的距離，也開(kāi)啟了屬于他們的浪漫情緣。