有一天，沖繩附近的海域出現了一種奇怪的生物。 “它”的外形類(lèi)似于棘冠海星，它的毒液會(huì )傷害漁民，并迅速蔓延到整個(gè)日本。這是怪物達嘎拉 (Dagahra) 復活的預兆，達嘎拉是由傳說(shuō)中的古代文明 Nirai Kanai 創(chuàng )造的，作為解決環(huán)境污染的生物凈化系統，但它失去了控制，最終導致了 Nirai Kanai 的滅亡。埃利亞斯姐妹察覺(jué)到地球危機，飛到石垣島，那里出現了一只名叫 Gogo 的小生物，它來(lái)自 Nirai Kanai。大陸的盜獵者從 Gogo 尾巴上的裝飾環(huán)得知那里有寶藏，一些當地女孩收養了 Gogo。艾利亞斯姐妹知道“尼萊卡奈遺跡中藏有可以打敗達加拉的寶藏”的傳說(shuō)。少女們、艾利亞斯姐妹以及與姐妹們發(fā)生沖突的偷獵者兼黑仙女貝爾貝拉結成團隊出海。在Gogo的引導下，Nirai Kanai的金字塔遺址從海中浮現出來(lái)。然而，當她們尋找寶藏時(shí)，達嘎拉降臨石垣島并開(kāi)始肆虐，于是伊萊亞斯姐妹召喚了摩斯拉與他戰斗。達嘎拉與魔斯拉在從石垣島到西表島的空中展開(kāi)了戰斗，之后又在金字塔遺址附近展開(kāi)了海底戰斗，魔斯拉被擅長(cháng)海戰的達嘎拉拖入海中。然后，達嘎拉將“它”——無(wú)數的貝倫——附著(zhù)在魔斯拉身上，使她無(wú)法戰斗。埃利亞斯拼命想要除掉附著(zhù)在魔斯拉身上的貝倫，但是貝倫數量實(shí)在太多，根本無(wú)法除掉。摩斯拉陷入絕境，尋找寶藏已成當務(wù)之急。逃離遺跡中的陷阱后，少女們和偷獵者到達了一個(gè)大廳，那里有一幅 Nirai Kanai 公主的三維圖像，告訴她們 Gogo 已經(jīng)選擇了少女 Shiori 作為寶藏的主人。然而，達嘎拉攻擊了金字塔！金字塔倒塌后，魔斯拉能夠利用戈戈的“生命之水”的力量去除附身于她的貝倫，她變成了彩虹魔斯拉，力量更加強大，并再次與達嘎拉戰斗。形勢已經(jīng)和之前完全不同了，現在是摩斯拉占了上風(fēng)。當達嘎拉再次潛入海中時(shí)，魔斯拉化身為水之魔斯拉，戰斗轉移到了海底。魔斯拉用屏障抵擋達加拉的攻擊，并對達加拉發(fā)動(dòng)強大的攻擊。隨后他化作分身形態(tài)，從達加拉體內發(fā)起攻擊，一路擊敗了貝倫，最終導致達加拉墜落，并與金字塔一起消失。魔斯拉脫離海面之后，變回了原來(lái)的樣子——彩虹魔斯拉，回到了嬰兒島，危機結束。
