世間人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，緊接著(zhù)的……是離別
　　刺耳的警報聲驟然響起，通過(guò)無(wú)線(xiàn)電傳入每個(gè)人的耳中。八號殖民地“白雪公主”正遭到突如其來(lái)的襲擊，防御力量正被迅速瓦解。與此同時(shí)，“白雪公主”內部突然出現幾個(gè)頭帶斗笠象僧侶一樣的人開(kāi)始追殺研究員……當入侵的機器人突入“白雪公主”的時(shí)候，里面已經(jīng)血流成河。那些僧侶們留下一句“你來(lái)遲了一步，復仇者，你還未夠道行啊”，就神秘的消失了。
　　接到求救的聯(lián)合宇宙軍戰艦迅速趕到，但是“白雪公主”各處已經(jīng)開(kāi)始發(fā)生爆炸。入侵的機器人留下的唯一蹤跡是玻色子跳躍前的模糊影響，而這種跳躍應該是比它大幾十倍的大型戰艦才能做到了，幽靈機器人的說(shuō)法因此不徑而走。
　　因為四個(gè)殖民地連續發(fā)生爆炸，地球統合軍成立意外調查委員會(huì )負責調查次事，但他們不信有關(guān)機器人玻色子跳躍的事情，還把宇宙軍排除在外。為此聯(lián)合宇宙軍自行展開(kāi)調查，計劃從玻色子跳躍系統入手，這就牽涉到葫蘆計劃。葫蘆計劃是在人類(lèi)活動(dòng)頻繁的宇宙區域內的一些殖民地之間建立玻色子跳躍通道，這樣擁有次元歪曲防壁可以經(jīng)受跳躍沖擊的戰艦就可以通過(guò)郁金香方便的來(lái)往于各地。按照計劃，星野琉璃少校任艦長(cháng)的機動(dòng)戰艦NADESICO·B奉命出發(fā)前往葫蘆計劃的中樞——殖民地“天照”。
　　在殖民地“天照”，琉璃受到當地指揮官的故意怠慢，于是她將計就計，表面上接受殖民地安排的所謂“檢查”，暗地里利用NADESICO·B里的超級電腦“思兼”侵入“天照”的電腦系統，結果不僅發(fā)現有葫蘆計劃正式設計圖上沒(méi)有的玻色子跳躍通道，還發(fā)現大量非正式的玻色子跳躍的人體實(shí)驗記錄。
　　正在這個(gè)時(shí)候，“天照”內的電腦系統出現反?，F象，電子屏幕上充滿(mǎn)了OTIKA的字樣，無(wú)法正常工作?！癘TIKA反過(guò)來(lái)就是AKITO，也就是明人”，突然想到這點(diǎn)的琉璃似乎預感到什么，“那是暗號，還是巧合？但是那個(gè)人……明人和由利加已經(jīng)死了呀?！?br/>　　入侵者終于出現了，在玻色子的燦爛光芒中。連NADESICO也無(wú)法識別的入侵機器人雖然只有十來(lái)米長(cháng)，但是激動(dòng)性和威力卻非常強大。這時(shí)琉璃果斷地命令NADESICO進(jìn)入戰備狀態(tài)但不參與“天照”的保衛戰斗，而是靜觀(guān)其變。另一方面，天照出動(dòng)的是涼子帶隊的愛(ài)特巴里斯隊，入侵者似乎抵擋不住迎擊而想要撤退，可是誰(shuí)知這是調虎離山之計。當愛(ài)特巴里斯隊被引到殖民地外圈的時(shí)候，一艘不明戰艦突然通過(guò)時(shí)空跳躍出現，用重力波炮攻擊使殖民地警衛隊損毀嚴重，入侵機器人也乘亂進(jìn)入了殖民地內部。
　　“你認識的天河明人已經(jīng)死了，我想你收下他曾生存的證據”星野琉璃，被稱(chēng)為“電子的妖精”的女孩，NADESICO·B的艦長(cháng)琉璃+超級電腦思兼+NADESICO·C= 無(wú)敵
　　最后的決斗就在眼前，明人乘坐的黑色機器人蓄勢待發(fā)
　　“他會(huì )回來(lái)的，如果他不回來(lái)，我們便追上去，因為那個(gè)人對我們很重要”
　　這時(shí)在殖民地指揮部，一伙自稱(chēng)火星后繼者的人發(fā)動(dòng)政變占領(lǐng)了“天照”，而另一方面緊隨入侵機器人進(jìn)到基地內部的涼子在那里見(jiàn)到了上次戰爭中地球和木星都想得到的火星遺跡——玻色子跳躍的黑匣子。黑暗中突然傳來(lái)一陣攝人心魄的鈴聲，“危險！”，聽(tīng)到了黑色機器人駕駛員的警告，涼子僥幸躲過(guò)了偷襲。偷襲者出現了，他們就是上次在“白雪公主”大開(kāi)殺界的那些僧侶，也是火星后繼者背后的影子——心黑手辣的暗殺者。僧侶的首領(lǐng)向黑色機器人發(fā)話(huà)了，“你要死在自己的妻子面前嗎”，隨著(zhù)這話(huà)音，遺跡緩緩展開(kāi)，出現在里面的竟然是由利加。原來(lái)由利加沒(méi)有死啊，涼子想，那么明人呢？剛才黑色機器人駕駛員的聲音怎么這么耳熟？??！是明人，他們都還活著(zhù)！
　　混戰中涼子被趕來(lái)支援的赤月救出，明人和由利加下落不名?！疤煺铡苯K于被火星后繼者給爆破了，之后火星后繼者占據了火星極冠，在那里和他們的支持者集結，想要依靠遺跡的力量和統合軍對抗。
　　通過(guò)調查，大家得知火星后繼者造就和尼魯加路的競爭對手聯(lián)合起來(lái)，希望通過(guò)掌握波色子跳躍通道的“葫蘆計劃”來(lái)達到起野心。為此需要那些為數不多的A級跳躍者來(lái)做玻色子單體跳躍的領(lǐng)航員，明人和由利加就是在蜜月旅行的時(shí)候被火星后繼者綁架了的，當局為了保密才宣稱(chēng)他們不幸遇難。后來(lái)明人僥幸逃脫了出來(lái)，一直在暗中和火星后繼者戰斗。
　　面對新的威脅，琉璃等人奉命回地球召集人手，已經(jīng)退役的原NADESICO成員又重新聚集起來(lái)，更有不少年輕人加入。然而，到達地球的不只是他們……戰斗即將爆發(fā)，結局到底是什么樣的呢？