故事發(fā)生在二十一世紀末的日本。魔法，這不是一個(gè)傳說(shuō)，而是現代科學(xué)的一項技術(shù)，它被應用至今已經(jīng)過(guò)了一個(gè)世紀。曾經(jīng)被稱(chēng)為“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”這個(gè)名字的體系替代，高超的的魔法師被認為是國家的實(shí)力力。西歷 2095 年的春天，新生入學(xué)的季節。國立魔法大學(xué)附屬第一高?！ǚQ(chēng)“魔法科高?！?，是由成績(jì)優(yōu)秀的“一科生”，和作為一科生替補的“二科生”所構成，他們也各自被冠上了“花冠（bloom）”，以及“雜草（weed）”之名。就在這樣的魔法科高校里，一對兄妹入學(xué)了。兄長(cháng)是，擁有著(zhù)缺陷的劣等生。妹妹是，完美無(wú)缺的的優(yōu)等生。無(wú)論什么事都抱著(zhù)達觀(guān)態(tài)度的劣等生兄長(cháng)，和對他抱著(zhù)作為血親以上感情的優(yōu)等生妹妹。隨著(zhù)這兩人進(jìn)入這間精英學(xué)校的大門(mén)，這平穩的學(xué)院，也開(kāi)始了騷亂的日常。