被人類(lèi)用基因技術(shù)克隆出來(lái)的最強寵物小精靈超夢(mèng)（市村正親 配音）帶著(zhù)對自我身份的疑惑和對人類(lèi)強大的憤怒逃離了科研所，它宣布要對制造出自己的人類(lèi)進(jìn)行復仇?！　∫呀?jīng)得到了八個(gè)勛章的小智（松本梨香 配音），以成為寵物小精靈訓練大師為目標而不斷的旅行，他帶著(zhù)皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（飯冢雅弓 配音）小剛（上田佑司 配音）剛結束了和訓練家的對戰，接著(zhù)收到了一封神秘人的邀請函，邀請他們參加世上最強的小精靈訓練家的宴會(huì )。地點(diǎn)是新島寵物小精靈城，這是最強訓練家的邀請。他們很痛快的答應了，小智一行人穿過(guò)了狂風(fēng)暴雨的海岸終于到達了新島。一位叫喬伊的醫生帶領(lǐng)他們來(lái)到了寵物小精靈城，介紹最強的寵物小精靈訓練家出場(chǎng)。沒(méi)想到出現在大家面前的竟然是超夢(mèng)。超夢(mèng)的報復究竟是什么呢，一場(chǎng)大戰即將開(kāi)始......