在《納米核心》的里世界中，各位主角配角以及龍套們，都要在“納米學(xué)院”中學(xué)習生活。大家在這個(gè)世界不那么認真地上課、考試、過(guò)著(zhù)奇奇怪怪的校園日常，并不正經(jīng)地保護著(zhù)這個(gè)世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。

　　阿斯嘉特大戰已經(jīng)過(guò)去五年，世界在金蝰蛇和“東安聯(lián)”的支配下，維持著(zhù)虛假而脆弱的和平。瑞為了復活赫雅重現商都，試圖找到被金蝰蛇集團獨吞的“圣柜線(xiàn)索”。然而一個(gè)與II型文明息息相關(guān)的神秘組織“黃昏使者”，早已經(jīng)盯上了圣柜和瑞......

　　在距離東京南部一千公里的小宅島上，一家豪華酒店將迎來(lái)開(kāi)業(yè)一周年的慶典，屆時(shí)會(huì )場(chǎng)將展出名貴的鉆石阿緹密斯之淚。理所當然，這顆鉆石吸引了怪盜基德的注意，他再次發(fā)出盜竊預告。雖然中森警部作了周密部署，卻依然防不勝防，阿緹密斯之淚最終失竊。與此同時(shí)，柯南、小蘭等人也受鈴木園子之邀參加了酒店的周年慶典。中森警部的出現引起柯南警覺(jué)，他繼而發(fā)現基德的計劃。
　　狡猾的基德接連逃脫中森警部和柯南的圍阻，不過(guò)卻在少年偵探三人組元太、步美、光彥的面前大失身手，還暴露了真容，不過(guò)卻被步美他們認作新一。另一方面，丟失了鉆石的酒店方似乎另有企圖……

　　一個(gè)比素子還暴力且暴露的火星女警和她的只是表面像巴特的大塊頭搭檔追查一宗謀殺案，身為著(zhù)名歌手的受害者被發(fā)現是機器人，于是案情變得撲朔迷離起來(lái)。

這個(gè)星球被DS（達摩克里斯）科技軍隊占領(lǐng)，強AI（人工智能系統）是這個(gè)軍隊的首領(lǐng)。反抗AI和DS的鷹隼部隊，對瘋狗鎮（DS試驗場(chǎng)）進(jìn)行肅清。原為瘋狗鎮電工卻擁有既視感（短暫預測未來(lái)）的馬三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。瘋狗鎮的主人（“神父”莫比）乘火箭逃離殖民星球，瘋狗鎮的眾人即將被火箭烈焰活活燒死，馬三為救眾人連接了AI天眼衛星，成功阻止神父并和眾人逃出了瘋狗鎮，這一舉動(dòng)暗示馬三可能來(lái)自DS，馬三也開(kāi)始對既視感的來(lái)源產(chǎn)生懷疑？ 眾人來(lái)到被一群末世難民占領(lǐng)的廢棄驛站，這里的首領(lǐng)封子昂認出馬三，稱(chēng)呼他為長(cháng)官，隨即自愿幫助馬三找回記憶，但殊不知，這只是一場(chǎng)陰謀的前奏……