第一季結尾中，侯燁、塔塔、裘莎莎和朱志摩四人，意外收到了組織的錄取通知書(shū)，各自都成為了新人特工訓練局的一員。這一季的故事會(huì )為孩子們營(yíng)造一個(gè)既神秘又神奇的“外星事務(wù)管理局”（簡(jiǎn)稱(chēng)BEA），這樣一個(gè)歷史悠久的，為了保護地球而設立的龐大機構。而侯燁等孩子們就是被這個(gè)神秘機構所選中，成為了實(shí)習小特工，見(jiàn)識到了各種令人尖叫的存在。孩子們隨著(zhù)主角侯燁的經(jīng)歷，體會(huì )成長(cháng)的煩惱與歡樂(lè )，明白要有怎樣的擔當才能稱(chēng)為真正的成長(cháng)，以及這份接踵而至的責任感。
