上杉風(fēng)太郎（松岡禎丞 配音）是就讀于高中二年級的平凡男生，唯一的亮點(diǎn)就是學(xué)習方面異常的優(yōu)秀，每次考試都能得到滿(mǎn)分。上杉的家境非常的貧窮，欠下了巨額債務(wù)，為了還債，上杉不得不開(kāi)始勤工儉學(xué)，受中野一家人的聘用，成為了中野家五姐妹的家庭教師。

　　15世紀的歐洲某國。在跳級中被允許進(jìn)入大學(xué)的神童拉法爾。他回應了周?chē)钠诖?，宣布將?zhuān)攻當時(shí)最重要的神學(xué)。但是，從以前開(kāi)始就熱心投入的對天文的熱情一直沒(méi)有被拋棄。
　　有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘學(xué)者。因為觸犯了基于異端思想的禁忌而受到拷問(wèn)，被關(guān)進(jìn)監獄的休伯特。
　　他研究的是關(guān)于宇宙的沖擊性的“某個(gè)假說(shuō)”——。

　　日暮戈薇是就讀于國中三年級的15歲普通小女生，某日，她偶然通過(guò)家中神社的枯井來(lái)到了500年前的戰國時(shí)代。時(shí)狼煙四起，妖怪橫行，世間大地生靈涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲變成真正妖怪的犬夜叉，為了得到四魂之玉結識擁有強大靈力的巫女桔梗。經(jīng)過(guò)一段時(shí)間相處，兩人之間產(chǎn)生了感情。犬夜叉因此希望變成人類(lèi)，而桔梗也打算在凈化完四魂之玉后過(guò)回普通人的生活。然而，對桔梗心存邪念的盜賊鬼蜘蛛將靈魂和肉體獻給妖怪，繼而轉生變成邪惡的半妖奈落。在他的一番挑撥下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重傷的桔梗也在悲傷絕望中死去。
　　桔梗轉生的戈薇解救了犬夜叉，卻不慎將四魂之玉射成碎片。為了找回碎片，她和犬夜叉以及隨后遇到的伙伴：七寶、彌勒、珊瑚踏上了充滿(mǎn)艱難險阻的旅途……