在本季《超級飛俠12》中，超級飛俠依然會(huì )接收來(lái)自世界各地小朋友的電話(huà)，為小朋友定制他們需要的特別的東西，并將東西送到他們手上。當小朋友們遇到困難，樂(lè )迪會(huì )請求總部的幫助，超級飛俠將帶來(lái)?yè)碛懈鞣N屬性的愿望能量球，和小朋友們一起搖身一變成為酷炫的愿望守護者，陪同小朋友一起解決問(wèn)題。而上一季新登場(chǎng)的三位超級飛俠新成員：恐龍飛機超級飛俠大壯、速食卡車(chē)超級飛俠糯糯、高速火車(chē)超級飛俠咚咚，也會(huì )在這一季中展示他們的過(guò)人之處。而當困難升級，超級基地也會(huì )變成超級機器人，跟超級飛俠一起陪小朋友們度過(guò)難關(guān)。

宇宙流浪漢李約素無(wú)意中發(fā)現了多年前失蹤的移民飛船“上佳”號，并目睹了令人驚懼的異?，F象……人們逐漸發(fā)覺(jué)了正在逼近人類(lèi)的巨大危險，幾經(jīng)周折最終科尼爾星域各方勢力不得不合力應對強敵。孰料，異族的強大超乎想象，科尼爾星域人類(lèi)在全軍覆沒(méi)之際，只得派出李約素向銀河之心的強大人類(lèi)文明求救……

東京都高度育成高中，是以升學(xué)率、就業(yè)率100%為榮，每月支付相當于10萬(wàn)日元金錢(qián)的夢(mèng)想學(xué)校。但是，其內在是只有一部分成績(jì)優(yōu)秀者才能得到好待遇的實(shí)力至上主義學(xué)校。迎來(lái)第3學(xué)期，從D班晉升為C班的綾小路等人前往林間學(xué)校。在那里實(shí)施的是被稱(chēng)為“混合集訓”的全年級聯(lián)合進(jìn)行的特別考試。就像它的名字一樣，按男女分開(kāi)，必須結成由多個(gè)班級人員混合的小組，以該小組為單位進(jìn)行評分的考試。如果不與一直以來(lái)作為敵人而競爭的其他班級的學(xué)生們合作，就無(wú)法獲得高分，而且最重要的是，在沒(méi)有達到分數線(xiàn)的小組中將有人退學(xué)。動(dòng)蕩的第3學(xué)期即將拉開(kāi)帷幕！